Chaque e-mail reçu est analysé par le moteur de filtrage mis à jour en permanence, qui active un traitement paramétrable en fonction de son caractère de légitimité. Les différents traitements applicables sont le marquage du sujet, la redirection, la suppression, la mise en quarantaine des courriers indésirables.
MailCube MC² dispose en option d'une protection complète contre les virus. Cette protection supplémentaire est rendue possible grâce au concours du laboratoire Dr.Web.
Dr.Web propose une technologie permettant de filtrer les virus, spywares et autres malwares.